Hierarchical Data Format（HDF） 笔记

贡献者： addis

• 广泛用于科学计算：高能物理、天文、生物信息
• 由 HDF Group 开发
• 支持文件夹结构，多维数组，图片，表格，文字，支持大数据量，支持数据压缩，支持小部分读写（例如数组的某列）
• 支持 C, C++, Fortran, Java, Python, MATLAB
• HDFView 是一个 GUI 程序可以查看 HDF5 文件。

1. HDF C++ API

• 这是官方提供的 C++ API
• Ubuntu 安装：sudo apt install libhdf5-dev

#include <iostream>
#include <vector>
#include <H5Cpp.h>

// Use the standard HDF5 namespaces
using namespace H5;
using namespace std;

int main() {
	vector<double> data = {1., 2., 3., 4., 5., 6.};

	// H5F_ACC_TRUNC: replace file if exist
	H5File file("testfile.h5", H5F_ACC_TRUNC);

	hsize_t dims[2] = {2, 3}; // array size (ROW major!)
	DataSpace dataspace(2, dims);

	// use Predfined Type (PredType), double
	DataSet dataset = file.createDataSet("myDoubleArray",
		PredType::NATIVE_DOUBLE, dataspace);

	dataset.write(data.data(), PredType::NATIVE_DOUBLE);

	// will be auto called in destructors
	dataset.close(); dataspace.close(); file.close();
}

• 可以用 dpkg -L libhdf5-dev 来查看所有头文件和 lib 文件的安装路径。
• 编译：g++ test_hdf5.cpp -o test_hdf5.x -I/usr/include/hdf5/serial/ -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial/ -lhdf5_cpp -lhdf5
• 运行：test_hdf5.x
• 注意储存的矩阵是行主序的！
• 默认不开启压缩，要让上面代码进行压缩，在创建 dataset 时添加一个 DSetCreatPropList（property list）：

DSetCreatPropList plist;
plist.setDeflate(6); // compression level from 0 to 9
DataSet dataset = file.createDataSet("myDoubleArray",
	PredType::NATIVE_DOUBLE, dataspace, plist);