虽然大多数人更熟悉 Windows 系统，但由于 Linux 系统的免费开源稳定，许多科学计算软件都是主要支持 Linux，而许多研究组的服务器和计算机集群也已 Linux 系统为主．所以本书使用 Linux 作为编译和运行环境．注意我们只介绍 Linux 的命令行（terminal）操作，不涉及任何图形界面．另外，Linux 有不同的版本，本书选用 Ubuntu．
如果你的电脑已经有了 Windows 系统，要使用 Linux 命令行可以有几种方式：
其中前 4 种方案可以在使用 Windows 的同时使用 Linux 命令行（注意使用虚拟机需要占用较多资源，可能导致电脑卡顿），而双系统方案一次启动只能进入一个系统．
在 Windows 下使用 Linux 的另一种方案就是远程连接到另一台装有 Linux 系统的电脑
暂时先列出最基础的命令行命令，请自行搜索学习
pwd 当前目录
ls 查看某目录的文件（-v 序号排序）
cd 改变当前目录
mkdir 创建目录（-p 创建多层）
rmdir 删除目录
cp 复制文件（夹）
mv 移动文件（夹）
touch 创建空文件或更改文件日期
rm 删除文件或文件（夹）
man，--help
echo 重复文字
>, < 和 “|”
cat 显示文本文件内容
vim 编辑文本文件
sudo 超级管理员权限
du，df 文件（夹）大小，硬盘容量
top 进程管理，资源占用
free 检查内存
tar，zip 压缩与解压
ln -s 符号链接（类似 windows 的快捷方式）
uname 系统信息
apt-get 安装软件
wget 通过 url 下载文件
chmod 修改文件权限
chown 修改文件所有者
hostname，hostname -I 本机名称，IP 地址
ping 检查是否可以连接到网络地址
reboot 重启
ssh 远程命令行．ssh-keygen，ssh-copy-id
sftp 远程传文件
find 搜索文件或目录 -exec 对搜索结果执行命令
grep 搜索字符串或文件内容
locate 搜索计算机的文件
nohup 不挂起，即退出终端不会影响程序的运行
& 后台运行命令
Ctrl+R 可以搜索命令历史，再次按下 `Ctrl+R` 可以跳到上一个匹配命令，按回车运行，按左右键编辑
Ctrl+C 种植正在运行的程序
Ctrl+Z 后台运行正在运行的程序
sed
dd 硬盘读写，如创建随机文件，全 0 文件．
tree 显示文件结构
sha1sum，md5sum 等指纹
rsync（若文件中含有转义字符需要三个反斜杠 \\\）
sshfs 基于 ssh 的远程文件夹
split 切割文件
LVM
make
gcc
g++