Singularity 笔记

                     

贡献者： addis

　　 Singularity 类似于 Docker，多用于科学计算（尤其是计算机集群）。因为 docker 的运行需要管理员（root）权限，它在共享的计算机集群中使用时可能会让普通用户获得 root 权限，从而导致安全问题。Singularity 主要是为了解决该问题产生的。其次它对科学计算常用框架（例如 MPI）提供了更多便利和优化。

　　 官方文档

　　 安装步骤（有点麻烦）

　　 一些特性

• 仅支持 linux 不支持 Windows 和 macOS
• 原生支持把已有 docker 镜像转换为 singularity 镜像。
• 不需要一个 docker 那样服务在后台一直运行。
• 一个镜像就是一个文件，后缀名 .sif

笔记

• 超算上一般直接支持 singularity 命令，不需要用 module load。
• singularity pull docker://用户名/镜像 可以直接和 docker 一样 pull 一个镜像。
• singularity shell 镜像.sif 可以从镜像中打开一个 shell
• singularity exec 镜像.sif 命令 arg1 arg2 ... 执行镜像中的命令
• 默认情况下镜像自动挂载镜像外的 /home/$USER, /tmp, $PWD 三个文件夹到镜像内。