SLISC 的使用和测试

                     

贡献者： addis

1. 直接使用头文件

　　 和 C++ 标准库一样，SLISC 一般无需编译。如果你不想修改 SLISC 源码，只需要把 SLISC 文件夹复制到项目文件夹中，并在 C++ 源码中使用相应的头文件即可。

　　 下载 SLISC 源码，创建 “SLISC 库概述” 中的 intro.cpp。注意如果 intro.cpp 和 SLISC 文件夹不在同一个目录，那么你需要修改 #include 中的相对路径，也可以用绝对路径。

　　 要编译，用 g++ intro.cpp -o intro.x。编译成功后，运行程序就得到输出结果

u = 
0   1   2   

a 有 2 行和 3 列, 共计 6 个元素。
1.1   0   4.4   
0   9.9   5.5

以及两个输出文件 data0.matb 和 data.matb。

　　 另外也推荐使用 Jupyter Notebook 和 Cling，无需编译，交互运行代码。

2. 使用 64 位索引

　　 若使用默认选项，Long 类型的最大值（也就是数组最多的元素个数）是 $2^{31}-1 = 2147483647$。也就是 SLISC 只能处理大约 2.1GB 的 char 数组或者 16.8GB 的 double 数组。这在一般情况下是够用的，但如果要数组可能会更大，那么就不能定义该选项，且需要使用 64 位版本的头文件，位于 SLISC-64 目录下。我们可以直接把 SLISC-64/*.h 复制并覆盖到 SLISC 中。

3. 生成头文件

　　 注意如果头文件 SLISC/xxx.h 有对应的 SLISC/xxx.h.in 模板文件，那么这些头文件都是自动生成的。要重新生成 64 位版本的头文件，首先确保你的机器上安装了 octave 4.1 或以上的版本以及 make，然后在 SLISC 目录下运行 make [选项] h 即可。例如 SLISC 中的被生成的头文件是使用 make h 生成的，SLISC-64 中的则是使用 make opt_long32=false h 生成到 SLISC 并复制过去的。SLISC-64q 则使用 make opt_long32=false opt_quadmath=true h 生成，支持 4 精度浮点数。

4. 编译测试

　　 SLISC 中几乎每个头文件都有对应的测试代码，在 test/test_xxx.cpp 中，一般对应同名的 SLISC/xxx.h。为了测试代码在你使用的环境（CPU 架构和操作系统）中能正常运行，强烈建议编译并运行测试。

　　 最小测试的编译命令为 make opt_min=true -j8，然后运行使用 ./main.x。这里的 -j8 代表使用 8 个进程并行编译，你也可以改为其他的数字，匹配你电脑 cpu 的核数即可。如果不使用 -j 选项，默认单线程编译，可能时间较长。

　　 如果你想测试其他非默认的编译选项，就先生成头文件 make [选项] h 生成头文件到 SLISC（也可以从对应的 SLISC-xxx 把头文件覆盖过去，然后用 make [选项] -j8。完成后同样运行 ./main.x 即可测试。

　　 以下列出一些常用选项，注意只有改变 opt_long32 或 opt_quadmath 需要重新生成头文件。

• opt_compiler：选择编译器，支持 g++（默认），clang++，icpc，icpx。非默认编译器不支持 SLISC 的所有功能（例如四精度类型）。
• opt_long32：true（默认）使用 32 位的 Long 类型，false 使用 64 位的 Long 类型。
• opt_debug：true（默认）使用 debug 模式编译，会检查索引是否超出数组边界，矩阵尺寸是否合法等。还会在可执行文件中生成调试信息，以便使用 gdb 调试。false：Release 模式，开启编译器优化，没有边界和尺寸检查等，不生成调试信息。
• opt_asan：true（默认）开启 address sanitizer，进一步检测内存泄漏。
• opt_std：C++ 标准，支持 c++11（默认）及以上标准。
• opt_static：false（默认）动态编译，可执行文件体积较小，但需要依赖动态链接库文件（取决于系统版本，详见下文），所以无法将可执行文件直接复制到其他系统使用。true：静态编译，不支持 address sanitizer，但优点是编译后没有其他依赖，一般复制到相似的系统中也能正常运行。
• opt_min：true 兼容模式，功能最少，无需安装任何第三方库。false 使用默认的第三方库。

直接下载依赖库（推荐）

　　

• 依赖库取决于系统要查看 Ubuntu 系统的版本用 lsb_release -a 命令。
• 可以在 GitHub 上下载对应的版本（推荐）：Ubuntu16.04，Ubuntu18.04，Ubuntu20.04，Ubuntu22.04，CentOS7.9（注意 Ubuntu16.04 不支持 MPLAPACK 库）
• 除了特殊说明，解压后的文件夹包含 SLISC 所需的所有依赖，无需任何其他安装。
• 如果国内访问 GitHub 较慢，可以从网盘下载（不保证及时更新）。
• 注意文件夹中存在软链，但 windows 不支持软链（WSL 支持），所以应该用 Linux 命令行解压（命令 unzip 文件名.zip）。
• 在解压的文件夹中，每个子文件夹是一个第三方库，其中的 include 中是头文件，lib 中是库文件，静态库的后缀名为 .a，用于静态编译；动态库后缀名为 .so.版本号。
• 解压以后，在解压的文件夹中使用 source setup.sh 设置把库的路径添加到环境变量 CPATH, LIBRARY_PATH, LD_LIBRARY_PATH 中。他们分别是头文件的搜索路径，编译时库文件的搜索路径，运行时动态链接库的搜索路径。除此之外，该脚本也会把对一些超出 GitHub 尺寸限制的大文件进行拼接。
• 要查看环境变量，如 echo $CPATH | tr : \\n。

　　 可以用以下选项开始或关闭第三方库。

• opt_lapack：reference（默认）使用 Netlib 的基准版 BLAS 和 LAPACK，openblas 使用 OpenBlas 和基于它的 LAPACK（性能较高），mkl 使用 Intel 的 MKL（性能最高）。
• opt_mplapack：true 或 false，默认取 opt_quadmath 的值。四精度版本的 BLAS 和 LAPACK。如果编译时提示 _Float128 未定义，需要开启选项 opt_no__Float128
• opt_boost：true（默认）或 false，使用 Boost 库。
• opt_gsl：true（默认）或 false，使用 GSL 库。
• opt_eigen：true（默认）或 false，使用 Eigen 库。
• opt_arb：true（默认）或 false，使用 Arb 库。
• opt_arpack：true（默认）或 false，使用 Arpack++ 库
• opt_sqlite：true（默认）或 false，使用 SqLite 3 库。
• opt_matfile：true 或 false（默认），读写 Matlab 文件（已停止维护）。

用包管理程序安装依赖库（不推荐）

　　 除了直接下载，也可以用包管理程序如 apt 安装依赖库，但有的库会确实 64 位版本或者静态库文件等。例如在 Ubuntu 中可以使用以下命令：

apt -y update && apt -y upgrade
apt install -y vim git make g++ gdb gfortran libarpack++2-dev \
liblapacke-dev libsqlite3-dev libgmp-dev libflint-arb-dev \
libflint-dev libgsl-dev libboost-filesystem-dev