贡献者： addis; phlins
虽然大多数人更熟悉 Windows 系统，但由于 Linux 系统的免费、开源、稳定，许多科学计算软件都是主要支持 Linux，而许多研究组的服务器和计算机集群也已 Linux 系统为主。所以小时百科的科学计算部分大量使用 Linux 作为编译和运行程序的环境。注意本文只介绍 Linux 的终端（terminal）操作，不涉及任何图形界面（User Interface，UI）。
严格意义上，Linux 并非完整的操作系统，而只是一个系统内核（kernel）。用户往往使用的是 Linux 的发行版（distribution），比如 Ubuntu、Debian、Redhat、CentOS、Fedora、Arch、Deepin（国产）等。除 Linux 系统内核外，这些来自开发者社区的发行版还拥有 GNU 工具、附加软件和软件包管理器，大部分也有美观的图形界面（Linux 的图形界面支持并不如 Windows 或 macOS 那么成熟，历史更短）。但使用这些操作系统大同小异。如果把 Linux 系统内核比喻为发动机引擎，那么发行版就是可以上路的汽车。
我们选用 Ubuntu 进行介绍。
如果你的电脑已经有了 Windows 系统，使用 Linux 命令行可以有以下几种方式：
其中前 4 种方案可以在使用 Windows 的同时使用 Linux 命令行（注意：使用虚拟机会占用较多硬件资源，可能导致电脑卡顿），而双系统方案一次启动只能进入一个系统。
在 Windows 下要远程连接到另一台装有 Linux 系统的电脑，可以使用：
使用终端对计算机进行操作，并不像大多数人想象的一样困难。
一般来说，一条命令的构成是这样的：
command \space [-options] \space parameter...~
命令的开头，我们输入命令的名称或者可运行的文件名。Linux 是大小写敏感的，即 cd 命令不能写成 CD。随后，我们附带上命令的选项及其参数，用空格加以区分。选项使用简称，一般加一个连字符-；选项使用全名，一般加两个连字符--（比如-h 和--help）。
当命令输入完成后，按 Enter 键，命令就会运行。初学者可以尝试输入 date，系统会输出日期。
暂时先列出最基础的命令行命令，请自行搜索学习
pwd 当前目录
ls 查看某目录的文件（-v 序号排序）
cd 改变当前目录
mkdir 创建目录（-p 创建多层）
rmdir 删除目录
cp 复制文件（夹）
mv 移动文件（夹）
touch 创建空文件或更改文件日期
rm 删除文件或文件（夹）
man，--help
echo 重复文字
>, < 和 |
cat 显示文本文件内容
vim 编辑文本文件
sudo 超级管理员权限
du，df 文件（夹）大小，硬盘容量
top 进程管理，资源占用
free 检查内存
tar，zip 压缩与解压
ln -s 符号链接（类似 windows 的快捷方式）
uname 系统信息
apt-get 安装软件
wget 通过 url 下载文件
chmod 修改文件权限
chown 修改文件所有者
hostname，hostname -I 本机名称，IP 地址
ping 检查是否可以连接到网络地址
reboot 重启
ssh 远程命令行。ssh-keygen，ssh-copy-id
sftp 远程传文件
find 搜索文件或目录 -exec 对搜索结果执行命令
grep 搜索字符串或文件内容
locate 搜索计算机的文件
nohup 不挂起，即退出终端不会影响程序的运行
& 后台运行命令
Ctrl+R 可以搜索命令历史，再次按下 `Ctrl+R` 可以跳到上一个匹配命令，按回车运行，按左右键编辑
Ctrl+C 种植正在运行的程序
Ctrl+Z 可以暂时暂停当前 shell 运行的程序，然后按 fg（foreground）可以恢复，bg（background）可以在后台继续运行（相当于 &）但退出 shell 后该程序仍然会退出。
..
sed
dd 硬盘读写，如创建随机文件，全 0 文件。
tree 显示文件结构
sha1sum，md5sum 等指纹
rsync（若文件中含有转义字符需要三个反斜杠 \\\）
sshfs 基于 ssh 的远程文件夹
split 切割文件
LVM
make
gcc
g++